Какая разница между командиром и начальником?

Никакой разницы. Ибо все командиры, так же как и командующие, главнокомандующие, начальники пограничных застав, а так же старшие по званию (генералы и офицеры в отношении солдат) - по своему служебному положению являются начальниками. Начальники бывают прямыми (все кто выше по положению) и непосредственными (самый ближайший). Все они имеют право отдавать приказы и требовать их выполнения, а непосредственный начальник ещё и несёт непосредственную повседневную ответственность за каждого подчинённого.

Можно конечно попытаться связать командиров с тем, что они непосредственно командуют, руководят войсками и боем. Но точно так же руководят войсками и начальники: начальник ракетных войск и артиллерии Сухопутных войск, Начальник артиллерии полка, Начальник танковых войск Вооружённых Сил СССР, начальники штабов и прочие.

Ну а ещё среди военных часто употребляется уважительного словосочетания "мой командир" или "настоящий командир" - это проверенная временем оценка человека, обозначающая его волевые и командные качества, решительность, грамотность, умение принять целесообразное решение в сложной обстановке, а так же высокую степень ответственности и заботы о подчинённых, их понимание и человечность. Независимо от того, какую должность он занимает.

На этот, казалось бы, простой вопрос не могут ответить даже многие военные. Всё очень просто. Командиры руководят боевыми подразделениями: командир взвода, командир эскадрильи, командир полка и т.д. Руководители небоевых подразделений и служб - начальники: начальник штаба, начальник продовольственной службы и др.