Почему нельзя голосовать за каждую поправку в Конституции РФ отдельно?

Теоретически возможно. И даже более того, "гораздо более того" (с), именно такое голосование и соответствовало бы федеральному законодательству о референдуме.

Но вы себе представляете бюллетень на 206 (прописью: двести шесть) поправок? И проблемы с обработкой таких бюллетеней? И вы представляете себе реакцию избирателей на простыню, в которой 412 квадратиков, время, которое бедному избирателю понадобится на то, чтоб прочитать каждую поправку - он ведь должен осознанно проголосовать, правда же?! - и, главное, те мысли о властях предержащих, которые невольно, но наверняка появятся у него в голове, когда он будет подбираться к четвёртому десятку?

И потом - чего себя обманывать... Из всех двух с хвостиком сотен поправок нужна всего одна. Вот за неё (ну или против неё, тут уж кто как) народ и будет голосовать.

Потому и нельзя, что в результате за "самую нужную" поправку, ради которой затевается весь этот цирк, и не проголосуют. А ведь "самая нужная" поправка - даже не обнуление (здесь можно уважать госпожу Терешкову, если она предложила "обнуление" с хорошей долей сарказма), а прямое отрицание принципа равенства перед законом, сначала для отдельных личностей, вроде экс-президентов страны в виде пожизненной неприкосновенности, а затем и до "нового дворянства", неподсудного судам общей юрисдикции, потихонечку дойдет.

Можно! Сто раз могу повторить, что можно! Так и должно было бы быть, если бы хотели узнать на самом деле мнение народа по поводу поправок, а не протащить необходимые кому-то поправки. Во-первых, никто и никого не ограничивает во времени, можно было бы выбрать только несколько пунктов и по ним провести голосование. Жили же (и живем!) как-то со старой конституцией? Таким образом можно было бы переработать весь объем необходимых (?) поправок. Во-вторых, поэтапное, неспешное голосование позволило бы отработать новый механизм волеизъявления народа и возможно власть получила бы большой аванс доверия вместо сегодняшнего недоверия и просто насмешки над этой властью.

За каждую в отдельности голосовать действительно технически сложно. Это и "портянки" будут слишком большими для понимания голосующими, и для подсчета результатов неудобно - много будет ошибок в ручном подсчете. Доверять же подсчет технике ни в коем случае нельзя - слишком высока вероятность манипуляций.

Чтобы было легче проводить изменения в Конституцию, надо ежегодно проводить голосование не более чем по пяти поправкам. Приоритет поправок для голосования может определять Дума, но не более того.