Почему начал троить двигатель на ВАЗ?

В такой ситуации вариантов может быть множество, и точную причину установит только диагностика профессионала. Ну а если поразмышлять и если хочется поковыряться самому, то могло замочить контакты на датчиках (особенно если где-то на фишке уплотнитель прохудился), высоковольтные провода, катушки или модуль зажигания залило водой. Здесь можно начать с разъединения и просушивания разъемов датчиков, высоковольтных проводов и т.д., словом проверкой всех токопроводящих зон, которые могли быть подвержены замачиванию.

Дело скорее всего в высоковольтных проводах, дело в том что со временем проводка покрывается пылью, пока пыль сухая-ток не проходит, но стоит смочить её-она становится токопроводной. Часть энергии просто не доходит до свечи, получаются пропуски в циклах- троение.

Обычно это проблема "лечится" после прогрева двигателя и высыхания проводки, ну или протрите высоковольтные провода и соединительные фишки.