Почему в программе 1С нарушается нумерация исходящих документов?

Если конфигурация типовая, то во всех документах есть возможность ручного редактирования номера, присвоенного системой. Если пользователь, обладающий подобными правами, но не обладающий достаточными знаниями по нумерации документов в 1С, руками исправит номер, то может произойти сбой в нумерации. Пример: системой присвоен номер ТД000000001. Пользователь руками исправил его на ТД000001/01. При формировании номера для следующего документа система возьмет номер "ТД000001/01" как последний. Следующий за ним будет ТД000001/02. Кроме того, когда сформируется номер ТД000001/99, система каждый раз будет снова пытаться его сформировать (так как резерв символов после "/" закончился) и пользователи будут получать ошибку (точную формулировку не помню, что-то вроде невозможно записать объект, так как указанный номер уже существует).

Если конфигурация доработанная и речь идет про самописный документ, нужно проверить грамотность написания данного документа. Обычно вновь написанные документы подключают к типовой подписке, создающей номер документа. Но могут быть и исключения, когда нужно сделать особый формат номера. Если же с написанием документа все ок, то см. вариант 1.

Если разобраться не удалось - пииште в личку, попробую помочь

Главная причина проблем с нумерацией документов в 1С - это человеческий фактор, именно поэтому в последних редакциях программы стали выводить предупреждение при попытке изменить номер документа вручную. Проблема возникает, когда номер отредактируют вручную и после этого автоматическая нумерация продолжается в том же формате, который пользователь задал для номера, исправленного вручную. В таком случае может просто не хватить номеров, если документов много, система дойдет до номера, например, ...999 и не сможет сформировать следующий. Обычно для решения этой проблемы пользуются обработкой с ИТС - "Универсальный подбор и обработка объектов", в которую входит и перенумерация объектов. После перенумерации номера вручную менять уже не рекомендуется.