По каким причинам было отдано указание истребить селькнамов?

Причина - обыкновеннейшая выгода. Селькнамы были кочевниками, что и понятно - в тех местах (Огненная земля) жить оседло и выращивать себе пищу довольно трудно. Долгое время европейцев эти земли не особо интересовали. Но потом (конец 19 века) оказалось, что там отлично можно разводить овец. Для чего, однако, требовались обширные огороженные территории. Дальше - индейцы, возможно, стали на овец охотится, возможно, разрушили несколько оград, и в любом случае само их наличие мешало бесконтрольному разрастанию овцеводческих хозяйств. Что и привело к закономерному результату - фактически полному истреблению селькнамов, настоящему геноциду. Впрочем, официального распоряжения правительства или войны не было, достаточно оказалось молчаливого согласия. Истребляли индейцев сами фермеры, а также наемники, авантюристы, золотоискатели и др. - одним из наиболее успешных их представителей был некто Джулиус Поппер. Достаточно оказалось награды в один фунт, выплачиваемой за голову каждого убитого индейца-селькнама - выплачивали ее в основном овцеводческие компании, хотя и правительство Аргентины здесь отметилось.