Какие налоги должен платить арендодатель ФЛ, сдающий помещение под бизнес?

Поскольку в вопросе оговаривается, что помещение сдается под бизнес, я делаю вывод, что арендатором выступает либо организация, либо ИП-шник. А значит, в силу положений 226-ой статьи Налог. кодекса арендатор выступает в отношении арендодателя налог. агентом, разумеется, если обозначенное в вопросе физлицо само не является инд. предпринимателем.

И если все же не является, то никакие налоги арендодатель платить не должен, т.к. обязанность по удержан. и перечислению в бюджет налога на доходы физ. лиц в этом случае в соответствии все с той же статьей ложится на плечи налог. агента. Просто арендную плату физлицо получит не в том объеме, который обозначен в договоре, а за минусом 13-ти процентов налога.

Ну а если физлицо является инд. предприн., то платить налоги он должен в соответствии с применяемой им сист. налогообложения (на ОСНО, например, это будет все тот же НДФЛ и еще НДС).